北交所与沪深交易所的区别非常大，这种差异并非表面或细微的，而是根植于两者完全不同的市场定位与制度设计，构成了中国多层次资本市场体系中两个定位鲜明、功能互补的核心板块。二者的区别是根本性的。北交所自诞生之初就明确服务于更早、更小、更新的创新型中小企业，尤其是专精特新企业，它更像是为这类尚在成长阶段的企业打造的专属融资平台和孵化器。而沪深交易所则长期服务于更为成熟、具备一定规模和稳定业绩基础的大型企业及行业龙头，覆盖的企业类型和所处发展阶段更为广泛。这种从源头就开始的定位分野，直接决定了它们在上市门槛、交易规则、投资者结构乃至组织形式等一系列后续安排上都会呈现出系统性的、显著的差异。
市场定位与服务对象的截然不同，是两者最核心的区别，并由此引出了一系列具体差异。北交所专注于服务创新型中小企业，为其提供更灵活的融资渠道，扮演着孵化器的角色。它主要服务于专精特新的小巨人企业，门槛低于创业板和科创板。沪深交易所的服务对象则覆盖更广泛。上交所主要服务于大型企业，特别是国企央企和科创板企业；深交所则侧重于民营龙头企业、中小型企业以及创业板的创新成长型企业。北交所上市企业的特点是规模相对较小、处于成长阶段，而沪深交易所的上市企业多是各行业成熟的龙头，规模大、业绩更稳定。
在具体的上市与交易规则层面，两者的区别体现得尤为直观和深刻。上市门槛上，北交所的条件体现了更大的包容性，其最低市值要求远低于沪深交易所，对企业的盈利要求也更为宽松，为更多有潜力的中小企业开辟了资本通道。交易规则上，最显著的差异是涨跌幅限制：北交所个股日常涨跌幅高达30%，远超沪深主板10%的限制，也高于创业板和科创板的20%。这种更宽的价格波动区间既增加了市场弹性，提高了交易效率，也意味着投资者需要面对更高的价格波动风险。在交易申报单位上，北交所允许单笔申报不低于100股，并且可以1股为单位递增，提供了更细微的交易灵活性；而沪深交易所（科创板除外）通常要求买入申报为100股或其整数倍。新股申购方式也不同，北交所采用资金申购，需要冻结资金，按比例配售；而沪深交易所是市值配售。
投资者参与门槛与市场结构的差异，是另一个关键分野，这直接塑造了不同的市场生态。北交所对个人投资者设置了较高的准入门槛，要求申请权限开通前20个交易日证券账户和资金账户内的资产日均不低于人民币50万元，并且具备24个月以上的证券交易经验。这种双高要求将大多数散户投资者挡在门外，使得北交所以机构投资者为主力，市场风格相对更为理性和专业。反观沪深交易所，普通主板交易的开户门槛很低，年满18周岁有身份证银行卡即可，因此拥有数量庞大的散户投资者群体，流动性更强，市场活跃度也更高。这种投资者结构的差异，使得两个市场的投资风格和流动性特征有所不同。
区别同样显著。在组织形式上，北交所采用公司制，而沪深交易所是会员制，这是根本性的制度差异。在公司来源上，北交所的上市公司主要来源于新三板的创新层，形成了基础层-创新层-北交所层层递进的市场结构，企业与新三板有着天然的联系。而沪深交易所的上市公司来源面向全国，与场外市场的联动关系不像北交所这般紧密和制度化。北交所与新三板、乃至沪深交易所之间建立了清晰的转板机制，优质企业可以沿着新三板基础层、创新层，到北交所，再到沪深交易所的路径向上发展，这强化了其作为孵化器和培育器的纽带功能。这些制度安排上的区别，进一步凸显了北交所在中国资本市场中独特的、专注于服务早期创新型中小企业的定位，与沪深交易所实现了错位发展和功能互补。
